鱼宝宝道：“这个毛尚文必定跟女真人是一伙的。他去扶赵工匠时，手里一定就握着匕首，趁乱一刀刺死了赵工匠。”
傅春道：“一名强盗的身子刚好遮住我的视线，我倒没有亲眼看见是杀死赵工匠。”仔细回想当日情形，还是觉得不能相信，道：“可如果真是这样，对方就有四个人，而我只有一个人，为什么毛管家还要向我打手势示意，一起对抗那三名强盗呢？”
沈德符道：“这个不难理解。毛尚文潜伏在赵世伯身边日子不短，一定是好不容易才赢得赵世伯的信任。赵世伯虽然官任中书舍人，却与兵部走得极近，也许毛尚文深谋远虑，不愿意就此放弃放手，日后还有重大图谋。”鱼宝宝道：“就是这样。还有一点，你小傅是真人不露相，毛尚文根本不知道你会武艺啊，他以为他的几个同伴足以制服你呢。”
诸人也只是推测毛尚文有嫌疑，并没有他杀死赵士元的实证。然而当王名世带人去赵府找毛尚文问话时，他却已经抢先逃走。如此，等于自证他就是那些强盗的内应。
赵士桢听说自己的管家是女真人奸细后，也是惊讶得合不拢嘴。好在他性格孤僻乖戾，一生只信任寥寥数人，除了李植、冯琦等同年及少数几位兵部武官外，完全相信的人就只有工匠元赵士，连自家妻儿都不让看火器图一眼，更不要说管家毛尚文和两名仆人了。随身亦带着一支特制的短手铳，可以近距离射击，用于防身，知情人都视其为怪物，离他远远的。这也多亏了赵士桢本人高度的警觉性，毛尚文潜伏在赵府近两年才未能靠偷偷摸摸得手，最终不得不召来同伙用武力获取。
因为涉及盗窃朝廷军事机密，毛尚文随即被兵部和刑部同时悬以重金通缉，京师大街小巷贴满他的络腮胡子画像，东厂、锦衣卫也派出不少得力人手四处搜捕，但却始终没有收获。
以厂卫罗网之严密，居然打探不到任何消息。鱼宝宝甚至怀疑毛尚文躲进了宁远伯李成梁府中。傅春道：“既然李家肯主动交出火器图，可见在这件事上还是有立场。毛尚文应该早知道之前的五名同伴都是李家人杀死，怎么还可能投奔宁远府。多半他知道身份暴露后，就立即逃出京师回东北去了。”
沈德符道：“兵部也发出了通缉告示，边关要隘都贴有他的画像，他不可能逃出山海关，终有一天会抓到他的。”毛尚文一案遂不了了之。
然而此次妖书案起，沈一贯用心险恶，想借机除掉郭正域和沈鲤，是以一接到钱梦皋奏疏，不等皇帝圣旨，便马上拟令会勘，派出巡捕都督陈汝忠逮捕与交好的友人，又派巡捕追出京师，将郭正域一行围困在杨村。巡捕们虽然不敢对如何，却将他手下侍从尽数逮捕，严刑拷问，强迫这些无辜的人指控郭正域。有仆人实在经受不住折磨，胡乱指认一名宾客有嫌疑。巡捕将那宾客从人群中带出来，觉得眉眼颇为熟悉，打量了半天，终于有人认出他是被兵部悬赏通缉的重犯毛尚文，不过剃掉了半脸虬髯，乍见之下难以认出来。巡捕登时如获至宝，立即将毛尚文五花大绑地押回京城，预备送去刑部请功。
巡捕都督陈汝忠得报后也是欣喜若狂，但却留了个心眼儿，没有立即将毛尚，而是先拘禁起来，自己飞奔赶来禀报首辅沈一贯。说完事情经过，喜滋滋地道：“郭正域不但散布妖书，还与外番贼人勾结，欲染指火器技术。这次有了铁证，他无论如何是逃不掉了。”出乎他意料的是，沈一贯并没有大喜过望，反而神色沮丧。
陈汝忠挠了挠头，纳罕问道：“沈公是担心毛尚文不肯牵连郭正域么？放心，即便刑罚不能令其招供，他是座上宾客，郭正域无论如何都难脱干系。”
沈一贯摇摇头，没好气地道：“说郭正域写作妖书尚且没有人相信，你说他通敌外番，会有人信么？”
陈汝忠是个粗旷的武官，没有文官那么多花花肠子，对此很是不解，道：“可我们的确是从郭正域船上抓到了通缉要犯毛尚文啊。这难道不是铁证么？”
沈一贯摇了摇头，无可奈何地道：“郭正域暂时动不得了。”
陈汝忠一时愣住，实在想不通情由，便问道：“那么毛尚文要怎么办？是交给兵部，还是交给刑部？”沈一贯道：“这个…容老夫想想。”
他心中也甚是苦恼。倒不是其它缘故，而是他早收到过风声，说觊觎赵氏火器、夺走火器图的就是女真人，而还回火器图的就是辽东总兵李成梁的儿子。那些女真人早就被李家家丁暗中杀了灭口。既然李家人只是悄悄处理这件事，不愿意将那几名女真人交给官府，可见李氏与女真暗中有不少见不得人的勾当，令他们不敢公然与女真撕破脸皮。这毛尚文既是女真人奸细，想必对李氏阴事了解不少，将他交给兵部，万一拷掠下他将所知道的一切说了出来，万一说出李成梁出重金贿赂过自己和另一名阁臣朱赓，为其回任辽东总兵出过力，那可不就是引火烧身了么？还是得学学李家人的老道，不能冒一丁点儿风险。
沈一贯心中盘算一番，这才慢条斯理地道：“毛尚文是通缉要犯，万一半途逃走，不是便宜了别人了么？这一阵子陈都督也辛苦了，毛尚文的人头应该还值几个钱，你先看看能不能从他嘴里问到些什么，然后就拿着他的尸首到兵部领赏吧。”
这话说得甚是清楚，陈汝忠这样的大老粗一听也就立即明白了，只觉得宰相心思高深莫测，也不敢多问，连连点头答应。又问道：“那么妖书案要怎么办？”沈一贯道：“我自有主张。”顿了顿，又恶狠狠地道，“不过围住杨村的人千万不能撤了，不死也要让他们一家脱层皮。”
由于风头突然转变，针对郭正域的审讯一连进行了五天，始终不能定案。万历皇帝震怒，下诏责问参与会审的官员。众官员惶惶不安。内阁大臣沈一贯、朱赓上书请求宽大对待疑案，沈鲤上疏引咎，请求辞职，万历皇帝均不答应，只措辞严厉地限期众人破案。
皇帝意志坚决，与以往的“老妈妈”形象判若两人。东厂、锦衣卫，包括兵部、京营巡捕压力都相当大，人人噤若寒蝉，苦不堪言。眼看限期一天天到来，众人愈发如热锅上的蚂蚁，都盼着这件案子能尽快了结。如此一来，找到一只名正言顺的替罪羊就成了迫在眉睫之事。
十一月二十一日，妖书出现后整整十日，事情突然有了重大转机。
当日傍晚，天光尚明，东厂办事旗校李继祖等人在东厂东面的金鱼胡同见到一名男子正站在一座旧宅门前，盯着大门发呆。由于妖书案牵动全城，又是寒冬季节，街上的行人极少。李继祖觉得那男子神色可疑，上前盘问时，那男子却转身就跑。东厂校尉们遂追上前去，将其逮捕，直接带来东厂官署审问。
东厂位于皇城东安门北的东厂胡同，在大众心中，简直比十八层地狱还要可怕。然而真正进来后，才发现这里建筑简朴，环境宁静，与东厂令人闻名色变的威名着实不相称。
那男子被进来小厅，由百户崔德审问，不等用刑，他便主动招供。原来这男子姓皦名生彩，本是来东厂告发其兄长皦生彩与妖书有关的，但到大门前又有所犹豫，回身走时，就撞上了李继祖一行。
崔德闻言大喜，问道：“你亲眼看到你兄长私刻妖书了么？”皦生彩道：“那倒没有。但小生读过妖书，撮帖里面的内容无论是语气还是措辞都跟我兄长的著书《岸游稿》极像。”
正说着，千户王名世进来，见校尉拿了皦生彩，很是吃惊，忙问道：“这人犯了什么事？”崔德不知道王名世认得皦生彩，忙下堂道：“禀报千户，此人名叫皦生彩，是来告发妖书主谋的。”
王名世更是骇异，道：“他告发妖书主谋？主谋是谁？”崔德道：“就是他的兄长皦生光。千户，你的名字列在妖书上，暂时不便出面，属下这就替你去逮皦生光审讯，也好早日还千户一个清白。”又命校尉将皦生彩当作关键证人收监。一想到举朝都在寻找妖书主谋，老天爷却让馅饼掉在了他头上，喜不自胜，竟有些感激起皦生彩来，特意叮嘱校尉道，“好好照看，别为难了他。”
等崔德出去，王名世叫住皦生彩，问道：“这到底是怎么回事？”皦生彩低声道：“千户放心，那件事…我决计不会说出来的，我晓得轻重。”有意咳嗽了声，擦身走了过去。
王名世急忙出来小厅，叫上院中的一名校尉。二人出来东厂官署，摸黑回来堂子胡同的藤花别馆。傅春和鱼宝宝正围坐在堂中火盆边，听见脚步声便赶来开门，将王名世和校尉迎进来。那校尉这才掀下斗篷，却是沈德符。
鱼宝宝急急问道：“事情办成了么？”沈德符道：“办成了。不过事情又出了意外，皦生彩陷在东厂了。”
原来当日傅春在天桥古董铺得到提示，想出一个偷梁换柱的法子——即照着东厂校尉的牌子再刻一块假牙牌，编号为八十八，制造年份则刻成己丑年，也就是万历十七年，跟当日从冯府刺客身上搜到的赝品一模一样。再由王名世想办法，拿着这块新刻假牙牌去换回原先的赝品，这样，既拿到了重要证物，也不会惊动任何人。
傅春提出建议后，沈德符尚有所犹豫，王名世却一口同意，当即按照计划行动了起来。经过多方打探，终于得知原先的赝品收藏在东厂仓库的铜匦里。那铜匦专门用来收藏各种绝密文件，只有历任东厂提督才有钥匙。东厂提督陈矩兼任司礼监掌印，大半时间都在紫禁城司礼监官署，要从他那里盗取铜匦钥匙是绝无可能之事。唯一的法子，就是找到一个擅长开锁的工匠，皦生彩自然是最好的人选。
几人遂找来皦生彩商议，他一听到是要进东厂偷东西，连连摆手，无论如何都不肯答应。直到鱼宝宝用王名世的东厂千户身份吓唬他，声称要去官府告发他那作恶多端的兄长皦生光，又许以重金，他才勉强同意。
众人谋划这件大事时，正值妖书案发，京师气氛紧张，东厂也是人进人出。今日王名世正好轮值，遂决意下手。他找来一套校尉的衣服给沈德符换上，又将皦生彩打扮成杂役的样子，带入东厂官署中。等到傍晚仓库守卫吃饭时，三人趁间隙一起溜进仓库。
之后的事情倒也顺利，皦生彩轻而易举就打开那座看起来异常沉重结实的铜匦，证物赝品牙牌果然在其中。沈德符遂用新刻的假牙牌换掉证物，再将铜匦重新锁好。
出来仓库后，王名世便让皦生彩先回藤花别馆，免得三人一起进出引人起疑。皦生彩出来东厂，径直往东而去。经过金鱼胡同时，意外发现有一座老宅子大门上的铜锁极特别，一时心动，既想上去一试身手，又忌惮这里离东厂官署太近，怕被人发现。正踌躇之时，东厂办事旗校李继祖等人经过这里，见他模样鬼鬼祟祟，遂将其逮回东厂。
王名世与沈德符正预备离开东厂时，听院子中有校尉议论，说适才李继祖在金鱼胡同抓到条大鱼。金鱼胡同正是回藤花别馆的最近之路，王名世心中暗叫不妙，进来大堂一看，那被捕的犯人果然是皦生彩。他料想对方不敢说出今日来东厂的目的，毕竟敢在东厂头上动土，活罪难免，死罪难逃，正思虑要如何想个法子营救时，锦衣卫百户崔德却告知皦生彩是来告发其兄长皦生光是妖书案主谋的。这一惊，实在不亚于晴天霹雳了。他恨不得立即捉住皦生彩问个清楚明白，但正如崔德所言，他王名世的名字也在妖书之上，不便再横插一杠子，只得出来叫了沈德符，一起赶回藤花别馆。
傅春和鱼宝宝听说经过，也极是吃惊。堂中一时寂静无声。好半晌，鱼宝宝才期期艾艾地道：“该不会妖书作者真的就是皦生光吧？”傅春道：“决计不会是他。他只是个贪财好利的小人，制造妖书这件事对他一点好处也没有。”
王名世道：“好在皦生彩知道轻重，没有说出今日之事。妖书案牵动朝野，妖书作者到底是谁，也不是我们能操心得了的。”
傅春道：“王兄的意思是，不管皦生光是不是真的妖书作者，这件事也就听之任之了？”王名世道：“难道傅兄还有法子么？”
傅春道：“偷换牙牌是我的主意。如果不是因为我们要人开锁，皦生彩就不会被卷进来，更不会牵扯出皦生光来。现下朝廷急着要找到妖书作者定罪，皦生光如果真的因此而背了黑锅，我觉得挺过意不去的。”一边说着，一边不停地转动左手中指上的金戒指。这是他的习惯性动作，每每心中有难解之事时便会如此。
沈德符忙道：“算了算了，正如王兄所言，不管妖书作者是不是皦生光，这件案子都不是我们操心得了的。反正皦生光也不是什么好人。”
众人这才不再议论这件事。只有鱼宝宝道：“老实说，我觉得皦生光这么贪婪的人是不会关心什么国家大事、忙活什么妖书的。我觉得我们现下最应该担心的不是皦生光的命运，而是要小心皦生彩这个人，他能无中生有、凭空诬陷自己的亲兄长，那么我们做的那些事，有一天他会不会也抖露出去？”
几人之前从来没有往皦生彩这方面想过，闻言登时悚然而惊。
沈德符道：“宝宝说得对极了。那么不如这样，我们尽快从牙牌上查到线索，再设法将它还回去。这样即使皦生彩告发我们，我们也可以抵死不认。陈厂公没有证据，也不能怎样。”鱼宝宝道：“你天真啊。东厂锦衣卫抓人需要证据么？紫柏禅师这些人被妖书牵累害死有证据么？说郭侍郎是妖书作者有证据么？”
沈德符被他抢白惯了，也不以为意，问道：“那你说怎么办？”鱼宝宝道：“还能怎么办？当然是要设法杀了皦生彩灭口。哎，你们别吓成那样，我也只是说说，皦生彩现在人在东厂监狱，谁杀得了他？”
傅春道：“我有个法子，也许能有用。本朝惯例，被告发者受刑三次后仍然不肯招认，就要反过来拷问告发者。皦生光虽然无赖，可像妖书这样的大事，他无论如何是不会承认的，多半会抵挡酷刑。那么反过来，皦生彩有诬告兄长嫌隙，也该被拷问。只要王兄事先跟掌刑校尉打声招呼，用刑时下手稍重一些，便可就此除去心腹大患。”
王名世虽觉不妥，但想到皦生彩心机深沉，反应敏捷得近乎可怕，还是应道：“那好，我明日一早就去东厂官署，相机行事。”
当夜，顺天府生员皦生光被东厂捕获归案。更出人意料的是，校尉在皦生光内室发现墙壁上张贴有罗纹笺书写的《十大说》，词云：
皦扬，尔忘之耶？尔有大志不获，而乃规规于小愿乎？尔有大名见污，而乃规规于小闻乎？尔有大冤不白，而乃规规于小侮乎？尔有大仇不报，而乃规规于小忿乎？尔有大恩末偿，而乃规规于小惠乎？尔有大宝受诳，而乃规规于小失乎？尔有大游不畅，而乃规规于小方乎？尔有大忠可伤，而乃规规于小谨乎？尔有大贫能甘，而乃规规手小乏乎？尔有大才不鬻，而乃规规于小遇乎？此十大者，信大，而小者信小矣。皦扬尔忘之耶？
皦扬即是皦生光的化名，这《十大说》于感慨中见愤懑，与妖书《续忧危竑议》有异曲同工之叹。又搜到皦生光刊刻的诗稿，内中有“侯之门，仁义存”一句，本出自《庄子·；胠箧》：“彼窃钩者诛，窃国者为诸侯；诸侯之门而仁义存焉，则是非窃仁义圣知邪？”《续忧危竑议》中亦有“长可立，而次未必不可立也。侯之门，仁义存，谁肯舍富贵而趋死亡乎”之句。又翻查皦生光本人著书《岸游稿》，内容大意与《续忧危竑议》有相同之处。如此种种，均成为皦生光就是妖书作者的重要证据。
皦生光之前犯下的累累诈骗罪行也被揭发了出来——
万历二十七年，瞰生光曾私刻揭帖，内中有“郑主乘黄屋”之句，用黄纸封皮，置于城西富商包继志门首，假借封门，声言皇帝要籍没他家财产，诈得银子三百余两。
万历二十九年，又以同样手法，诈得二百两银子。这次被诈的对象，正是郑贵妃的亲兄弟郑国泰。这一年，正是国本之争最激烈之时，万历皇帝在各种压力下，被逼册立皇长子朱常洛为皇太子。瞰生光拿着“郑主乘黄屋”去威逼郑国泰。郑国泰胆小，知道国本话题之敏感，朝野上下舆论都对郑贵妃不利，不敢张扬，最终忍气吞声，出钱了事。
万历三十一年，瞰生光又诈骗国子监贡生苗自成银子三百两。像沈德符这般被骗讹过，而没有站出来指证的受害者更不知道有多少。
由于品性恶劣，有利用国本之争讹诈本朝国舅的往事，又有诸多与《续忧危竑议》有相同之处的书稿，皦生光立即成了众望所归的妖书作者。
沈德符几人从王名世得知案情后亦是目瞪口呆，这才知道完全误会了皦生彩，原来他早从各种蛛丝马迹中猜到其兄皦生光跟妖书有关，只不过一直隐忍不发，直到当晚被东厂逮住，才说出来作为脱身的资本。可谓巧合之极，又可谓高明之极。
傅春怔了半晌才道：“想不到飞书作者居然是皦生光，我之前完全猜错了。”
鱼宝宝道：“你原来以为是谁？”傅春摇了摇头，道：“不说了。咱们还是去天桥吧。”
四人遂一道往天桥的古董铺而来。那老店主姓洪，正是雕刻现下躺在东厂铜匦中假牙牌的工匠。
洪工匠接过沈德符递过来的牙牌，一看便惊叫道：“这人手艺活儿好，比刻造真牙牌的官府匠户手艺还要好。”
鱼宝宝道：“能看出来是谁造的吗？”他不过是侥幸随口一问，洪工匠却应道：“当然了，这是名匠赵士元的手笔。大凡名家，都会在作品上留下暗记。你们看这牙牌的穿孔，底下有个‘士’字，这是他的独特标记。”
众人一一仔细传看，果见穿孔下有个极细小的“士”字，刻得不着痕迹，稍不留意，便以为只是象牙的天然纹理。
鱼宝宝道：“哎呀，居然刻造这赝品的就是赵士元。我们知道得太迟了。”
沈德符问道：“那么你知道为什么这牙牌要刻着己丑年制造吗？”洪工匠道：“在我们手艺行当，即使是赝品，也要力求最像最真。如果真按你们所言，编号八十八的牙牌应该甲戌年制造，那么以老赵的名头和水平，绝不至于犯下这样的错误，这应该是他有意为之。兴许有人来找他刻制牙牌赝品，他不乐意，却又无法拒绝，所以故意留下这一处巨大破绽。”歪头想了想，又自己否定了自己，道，“这应该不可能。要做出这么精细的假活儿，眼前必定得有一块真活儿做样板。那主顾来取制品时，肯定会仔细核对真假两块牙牌的细节，不至于被老赵瞒过去。”
沈德符几人辞出古董铺，心情均很沉重。赵士元早已经被假扮强盗的女真人杀死，众人冒了天大的风险，好不容易才从东厂仓库盗出来牙牌证物，线索又在这里中断了。
还是傅春道：“洪工匠说赵士元早在万历十五年就离开天桥，到赵中舍府上帮他制造火器。这块牙牌上刻着万历十七年，是在那之后。不如我们直接去找赵中舍询问，也许他会知道些什么。”遂又往中书舍人赵士桢府上而来。
赵府却是大门紧闭，沈德符拍了半天门，隔壁传教士利玛窦家的仆人阿元奔过来告道：“赵先生不在府中，一个时辰前带了侍从出门去了。”
沈德符问道：“可知道赵世伯去了哪里？”阿元道：“他们出门时，小人出来看了一眼，听说是要去通州。”
傅春道：“通州？郭侍郎一家人正困在潞河杨村一带，也许是赵中舍是去拜访郭侍郎了。”鱼宝宝啧啧赞道：“郭侍郎被诬蔑是妖书作者，落难杨村，朝中大小官员人人避之不及，还是赵中舍为人仗义。”
沈德符道：“赵世伯匆匆出门，也许是去告知郭世伯，东厂已经捉到妖书真正作者了。”阿元道：“小人从旁偷听了一耳朵，好像不是沈公子说的那个理由，是有京营巡捕悄悄来告诉赵先生，说是以前那位毛管家被京营巡捕杀死了，人是从郭公郭侍郎船上抓到的。”
众人大吃一惊，愈发要等到赵士桢回来问清楚究竟，遂到隔壁利玛窦暂坐。王名世自回东厂官署打探消息。
利玛窦正与弟子徐光启在研究希腊数学家欧几里得的著作《原本》，预备将其翻译成中文。听说有客到来，急忙出来招呼。
之前也有人怀疑过徐光启是妖书作者，一度有东厂校尉来调查他。因为他是万历二十五年顺天府乡试解元，后来受到给事中项应祥弹劾，说他本人文章不通，是因为受到考官焦竑赏识才得以中举。焦竑后来被降职，徐光启次年会试也未能考中，迄今只是举人身份。妖书案起后，落款项应祥和乔应甲二人的仇家首先受到怀疑，但如汤显祖、焦竑、李三才等人均远在外地，无力主持在京师散步飞书之事。徐光启是焦竑的得意门生，又因为要准备明年会试，一年来一直滞留京师，且通过其师利玛窦多与权贵交往，理所当然地受到怀疑。还是利玛窦亲自上书为徐光启申辩，称徐光启自到京师，一直寓住在他家中，在忙于翻译西方著作之事，根本就没有精力和时间去张罗所谓的妖书。万历皇帝对利玛窦甚是敬重，阅书后亲自批复，这才没有人再找徐光启的麻烦。